Modul Sklady je jedním ze stěžejních modulů celého informačního systému Modulsoft.  Jeho hlavní funkce spočívá v evidenci a ocenění skladových zásob metodou FIFO s možností sledování příjmů, výdejů, převodů mezi sklady a prodejů. Modul Sklady je velmi variabilní, lze jej v rámci implementace parametrizovat tak, aby pokryl požadavky všech zákazníků.

Umožňuje zejména:

• Evidenci skladových zásob pro neomezený počet skladů
• Definici neomezeného počtu druhů pohybů (řad dokladů) pro sledování příjmů, výdejů, převodů mezi sklady a prodejů. Tato významná vlastnost ovlivňuje možnost třídění a filtrování dat ve výstupních sestavách podle potřeb uživatele.

• Možnost vytvoření libovolného počtu časově omezených i neomezených cenových skupin a přiřazení cenových skupin k adresám odběratelů.
• Skladové položky je možné zařadit do různých skupin, druhů a typů skladových karet a v takovém členění pak získávat i výstupní údaje.

• Pro definované skladové pohyby lze nastavit automatické účtování s ohledem na jednotlivé sklady, druhy karet, adresy odběratelů a dodavatelů.
• Umožňuje evidovat jednoúrovňové i víceúrovňové výrobní kalkulace výrobků a polotovarů a poskytuje možnost hromadných odpisů surovin a materiálů.
• Lze používat cizí názvy skladových karet pro tuzemské i zahraniční partnery, kteří vyžadují použití vlastních konvencí pro označení názvů a čísel skladových karet.
• Pro řízení množství skladových položek lze evidovat údaje o maximálním, minimálním a optimálním množství položek.

• U surovin a výrobků lze evidovat výrobní čísla a šarže.

• Skladové položky lze identifikovat systémem EAN kódů a to na úrovni jednotlivých kusů, ale i např. balení.

• Skladová evidence předává zdroje informací ze skladových karet do modulů Internetový obchod a E-Shop.
• Modul Sklady je úzce provázán s ostatními moduly IS Modulsoft, kterými jsou Objednávky, Pohledávky, Závazky, Výroba a Expedice.
• Modul Sklady podporuje EDI komunikaci s odběrateli a dodavateli.
• Modul Sklady v součinnosti s moduly Závazky, Pohledávky, Adresář a Kurzovní lístek  umožňuje vykazování Intrastatu – přijetí a odeslání zboží ze zemí EU. Vykazování Intrastatu v IS Modulsoft  je postaveno na číselnících celní správy, které lze importovat v modulu Adresář. Vlastní evidence a vykazování (včetně generování výstupních souborů pro aplikace InstatDesk nebo INSTATONLINE) je realizováno v modulech Sklady, Závazky a Pohledávky.
• Modul Sklady umožňuje spuštění standardních i individuálních výstupů pro vyhodnocení celé řady kriterií, které jsou pro práci se skladovou evidencí nezbytné.

Samostatnou součástí modulu Sklady je Prodej za hotové. Umožňuje pultový prodej s vystavením dokladu (paragonu) a okamžitým odečtením prodaného zboží ze stavu skladu. Počítač s tiskárnou je tak ve funkci registrační pokladny.